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SketchMol-图像生成分子设计 | Nature Machine Intelligence
2025-02-18 14:48  浏览:697

对于加速早期药物发现来说,高效的分子设计方法,至关重要,以节省数年的研发时间和数十亿美元的成本。目前的分子设计方法,取决于序列或图表示,强调局部特征,例如键和原子,但缺少对整体分子拓扑结构的全面描述。

近日, 日本 筑波大学(University of Tsukuba)Zixu Wang, Yangyang Chen, Xiucai Ye, Xiangxiang Zeng等,在Nature Machine Intelligence上发文,报道了基于图像的分子生成框架SketchMol,将视觉理解与分子设计相结合。SketchMol利用扩散模型,并应用一种称为 “分子专家强化学习 ”的细化技术,以改进可行分子的生成。

通过类似绘画的方法创建分子,同时描绘分子的局部结构和全局布局。通过可视化分子结构,各种设计任务统一到基于图像的框架中。全新设计变成了勾画新的分子图像,而编辑任务则转变为填充部分绘制的图像。通过大量实验证明, SketchMol有效处理各种分子设计任务。

Image-based generation for molecule design with SketchMol. SketchMol:基于图像生成分子设计。

图 1:SketchMol框架示意图。

图 2:分子图像生成的质量和合理性实验。

图 3:不同理化条件时,SketchMol 生成能力实验。

图 4:基于掩膜的分子优化实例。

图 5:从不同结构角度优化先导活性的案例。

图 6:EP4片段生长案例。